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dc.creatorAbreu, Carlos Godinho de-
dc.date.accessioned2023-11-14T15:53:41Z-
dc.date.available2023-11-14T15:53:41Z-
dc.date.issued2023-11-09-
dc.date.submitted2023-10-25-
dc.identifier.citationABREU, C. G. de. Agaricus subrufescens: do cultivo ao genoma. 2023. 114 p. Tese (Doutorado em Microbiologia Agrícola)–Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2023.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/58533-
dc.descriptionArquivo retido, a pedido do autor, até novembro de 2024.-
dc.description.abstractAgaricus subrufescens is a mushroom native to Brazil, which has specific nutritional and medicinal value. The cultivation on a commercial scale in Brazil requires the development of related technologies, which are of great value and usefulness in developing countries for small mushroom producers. One of the objectives of this work was to promote greater selectivity of the cultivation substrate added with bacteria of the genus Bacillus, and to analyze the productivity and biological efficiency of the mushroom Agaricus subrufescens ABL 04/49. The results showed that microbiological additives increased on the 8th day of composting, can be used as an alternative, without the conditioning phase, in the cultivation of A. subrufescens to accelerate the maturation of the compost, reduce composting time, increase productivity and produced mushroom compost on a small scale by small mushroom producers. It is known that he sun mushroom has a short shelf life, and the mushrooms darken quickly (a process known as browning), generating post-harvest losses if they are not dehydrated quickly, making it quite restricted to consumer markets in the form of capsules, which present high prices. In this way, the change in this picture is the increase in the consumption potential of this mushroom in natura as food, and for this reason, the importance of having its genome sequenced and studied is highlighted, with the purpose of revealing possible new alternatives to be used. in its cultivation, in order to avoid or delay the browning process. The genome sequencing of A. subrufescens ABL 04/49 was developed using a hybrid strategy, combining short readings obtained by Illumina (short-reads) and longer readings obtained by GridION technology (long-reads). The genome of A. subrufescens lineage ABL 04/49, results in this work, contains 13 chromosomes and 31 unplaced scaffolds, totaling 44.5Mb, showing BUSCO completeness (96.5%), GC content of 47.24% and 1.48% heterozygosity. A total of 14,332 protein coding genes were identified, with 64.6% (27,875,936 bp) of the genome covered by genes and 23.41% corresponding to transposable elements, representing a total of 9,793,453 bp. The mitogenome was completely assembled and circularized, resulting in 131,367 kbp and encoding 14 genes. The annotation was improved using public RNAseq data from the JSR3 strain of Agaricus subrufescens from different developmental stages (mycelium, fruiting body, and primordium) available on GenBank. A total of 4 PPO (polyphenoloxidases) were identified in A. subrufescens ABL49 and are distributed mainly on chromosome VII (3 copies) and chromosome IX (1 copy). The Mating-type (MAT) locus has been elucidated and is located on chromosome 1 showing the mip and β-fg genes which flank the homeodomain (HD) transcription factors involved in mating. The phylogenomic analyzes correctly placed A. subrufescens in the Agaricomycetes clade. All results obtained were summarized and made available through the Genome Browser available in a link, being a useful tool to support other genomic studies in fungi. This study presents the first draft of the genome of the Mushroom of the Sun species Agaricus subrufescens lineage ABL04/49, providing an important genomic resource that can be used for the improvement of this important species.pt_BR
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)pt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Lavraspt_BR
dc.rightsrestrictAccesspt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectAgaricus subrufescenspt_BR
dc.subjectBacilluspt_BR
dc.subjectBasidiomicetospt_BR
dc.subjectSequenciamento híbrido de DNApt_BR
dc.subjectGenoma completopt_BR
dc.subjectBasidiomycetespt_BR
dc.subjectHybrid DNA sequencingpt_BR
dc.subjectChromosome-scale genome assemblypt_BR
dc.titleAgaricus subrufescens: do cultivo ao genomapt_BR
dc.title.alternativeAgaricus subrufescens: from cultivation to genomept_BR
dc.typetesept_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Microbiologia Agrícolapt_BR
dc.publisher.initialsUFLApt_BR
dc.publisher.countrybrasilpt_BR
dc.contributor.advisor1Dias, Eustáquio Souza-
dc.contributor.advisor-co1Pylro, Victor Satler-
dc.contributor.referee1Varani, Alessandro de Mello-
dc.contributor.referee2Morais, Daniel Kumazaua-
dc.contributor.referee3Dias, Eustáquio Souza-
dc.contributor.referee4Silva, Gilvan Ferreira da-
dc.contributor.referee5Silva, Saura Rodrigues-
dc.description.resumoAgaricus subrufescens é um cogumelo nativo do Brasil, que apresenta considerável valor nutritivo e medicinal. O cultivo em escala comercial no Brasil necessita de desenvolvimento de tecnologias apropriadas, as quais são de grande valia e utilidade em países em desenvolvimento para pequenos produtores de cogumelos. Um dos objetivos deste trabalho foi promover maior seletividade do substrato de cultivo adicionado de bactérias do gênero Bacillus, e analisar a produtividade e eficiência biológica do cogumelo Agaricus subrufescens ABL 04/49. Os resultados mostraram que os aditivos microbiológicos adicionados ao 8o dia de compostagem, podem ser usados como uma alternativa, sem a fase de condicionamento, no cultivo de A. subrufescens para acelerar a maturação do composto, diminuir o tempo de compostagem, aumentar a produtividade e produzir composto de cogumelos em pequena escala por pequenos produtores de cogumelos. Sabe-se que cogumelo do sol apresenta tempo de vida útil curto, e os cogumelos escurecem rapidamente (processo conhecido como browning), gerando perdas pós-colheita caso não forem desidratados rapidamente, tornando-o bastante restrito a mercados de consumo em forma de cápsulas, que apresentam preços elevados. Desta forma, a mudança deste quadro está no aumento da potencialidade de consumo desse cogumelo in-natura como alimento, e por esta razão destaca-se a importância de ter seu genoma sequenciado e estudado, com a finalidade de revelar possíveis novas alternativas a serem empregadas em seu cultivo, a fim de se evitar ou retardar o processo de browning. O sequenciamento do genoma de A. subrufescens ABL04/49 foi executado utilizando estratégia híbrida, combinando-se leituras curtas obtidas por Illumina (short-reads) e leituras maiores obtidas pela tecnologia GridION (long-reads). O genoma de A. subrufescens linhagem ABL 04/49, obtido nesse trabalho, contém 13 cromossomos e mais 31 scaffolds livres, totalizando 44,5Mb, apresentando completude BUSCO de (96,5%), conteúdo GC de 47,24 % e 1.48% de heterozigosidade. Um total de 14.332 genes codificadores de proteínas foram identificados, sendo que 64.6% (27.875.936 bp) do genoma está coberto por genes e 23,41% corresponde a elementos transponíveis, representando um total de 9.793.453 pb. O mitogenoma foi completamente montado e circularizado, resultando em 131.367 kbp e codificando 14 genes. A anotação foi melhorada utilizando dados públicos de RNAseq provenientes da linhagem JSR3 de Agaricus subrufescens provenientes de diferentes estágios de desenvolvimento (micélio, corpo de frutificação e primórdio) disponíveis no GenBank. Um total de 4 PPO (polifenolxidases) foram identificadas em A. subrufescens ABL04/49 e se encontram distribuídas principalmente no cromossomo VII (3 cópias) e no cromossomo IX (1 cópia). O locus Mating-type (MAT) foi elucidado e se encontra localizado no cromossomo 1 mostrando os genes mip e β-fg os quais flanqueiam os fatores de transcrição do homeodomínio (HD) envolvidos no acasalamento. As análises filogenômicas colocaram corretamente A. subrufescens situado no clado de Agaricomicetos. Todos os resultados obtidos, foram resumidos e disponibilizados através de Genome Browser disponibilizados em um link, sendo ferramenta útil para apoiar outros estudos genômicos em fungos. Este estudo apresenta o primeiro rascunho do genoma da espécie de Cogumelo do Sol Agaricus subrufescens linhagem ABL 04/49, fornecendo um valioso recurso genômico que poderá ser empregado para o melhoramento desta importante espécie.pt_BR
dc.publisher.departmentDepartamento de Biologiapt_BR
dc.subject.cnpqMicrobiologia Agrícolapt_BR
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/1066227663012482pt_BR
Aparece nas coleções:Microbiologia Agrícola - Doutorado (Teses)

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