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dc.creatorCaneschi, Ricardo Dias-
dc.date.accessioned2022-07-29T18:08:01Z-
dc.date.available2022-07-29T18:08:01Z-
dc.date.issued2022-07-29-
dc.date.submitted2022-04-29-
dc.identifier.citationCANESCHI, R. D. Análise comparativa de perfis de expressão de C. arabica submetidos a estresses abióticos com dados de bibliotecas genômicas de New C.canephora e C. eugeniodes. 2022. 95 p. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) – Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2022.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/50763-
dc.description.abstractGene expression analysis has been widely used as a method to study the complex signaling and metabolic pathways underlying cellular and developmental processes in biological organisms, including plants. An increasing number of studies of expression levels of various genes in plants are being carried out to understand the cellular and molecular mechanisms involved in plant development and growth, as well as in responses to biotic (pathogen infection) and abiotic (environmental) stresses. . High and low temperatures, drought, high salinity, inadequate light exposure are abiotic factors that affect plant growth and cause crop losses. In this way, understanding how plants perceive these environmental signals and how these are translated by their genetic machinery in order to minimize damage and adapt is of paramount importance. Many studies investigate the effects of singular and combined stresses and have enabled the elucidation of the complex molecular interaction that governs responses to plant stress. Plants activate both specific and non-specific responses to stresses caused by factors related to adverse climatic events, allowing greater efficiency in the response and conserving resources for growth. Signal specificity is achieved through the interaction between hormones of different metabolic pathways, such as ABA (absisic acid), AS (salicylic acid) and AJ (jasmonic acid). Transcription factors, heat shock, reactive oxygen species and small RNAs are also involved in the coordination of such responses. Emphasizing, transcription factors are one of the main responsible for the specificity of responses to stress. The manipulation of these provides one of the greatest opportunities to confer tolerance through genetic engineering, as they provide a series of downstream events (XU et al., 2011). These factors interact with elements of the promoter regions of stress-related genes, promoting an increase in the expression of several genes, thus allowing stress tolerance. (AGARWAL; JHAa, 2010). A family of genes known as C-repetitive binding factors (CBFs) or dehydration-responsive binding element factors (DREBs) are key components that implicate adaptation to drought, salinity and cold and regulate stress-responsive genes which modulate physiological adaptations. to plant abiotic stresses. The relationship of these factors makes up an important way of gene regulation and metabolic pathways dependent and not dependent on abscisic acid. The high expression of DREB genes causes the upregulation of genes regulated by cold (CORE) and genes responsive to osmotic stress, resulting in improved tolerance to abiotic stresses (CHEN et al., 2009). Thus, the aim of this work was to evaluate the use of different reference genomes (C.arabica, C.canephora and C. eugenioides) in the mapping of reads obtained by RNA-seq and to observe the effects in the comparison of the transcriptome of coffee plants when subjected to different abiotic stresses.pt_BR
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)pt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Lavraspt_BR
dc.rightsacesso abertopt_BR
dc.subjectBioinformáticapt_BR
dc.subjectRNA-seqpt_BR
dc.subjectMapeamento de genespt_BR
dc.subjectCafeeiro - Estresse abióticopt_BR
dc.subjectBioinformaticspt_BR
dc.subjectGene mappingpt_BR
dc.subjectCoffee tree - Abiotic stresspt_BR
dc.titleAnálise comparativa de perfis de expressão de C. arabica submetidos a estresses abióticos com dados de bibliotecas genômicas de New C.canephora e C. eugeniodespt_BR
dc.title.alternativeComparative analysis of expression profiles of c. arabica submitted to abiotic stress with data from new c. canephora and c. eugeniodes genomic librariespt_BR
dc.typedissertaçãopt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetalpt_BR
dc.publisher.initialsUFLApt_BR
dc.publisher.countrybrasilpt_BR
dc.contributor.advisor1Andrade, Alan Carvalho-
dc.contributor.referee1Andrade, Alan Carvalho-
dc.contributor.referee2Paiva, Luciano Vilela-
dc.contributor.referee3Marracini, Pierre Roger René-
dc.description.resumoA análise da expressão gênica tem sido amplamente utilizada como um método para estudar a complexa sinalização e as vias metabólicas subjacentes aos processos celulares e de desenvolvimento em organismos biológicos, incluindo plantas. Um número crescente de estudos de níveis de expressão de vários genes em plantas vem sendo realizado para se entender os mecanismos celulares e moleculares envolvidos no desenvolvimento e crescimento de plantas, bem como em respostas a estresses bióticos (infecção por patógenos) e abióticos (ambientais). Altas e baixas temperaturas, seca, alta salinidade, exposição luminosa inadequada são fatores abióticos que afetam o crescimento da planta e causam perdas nas lavouras. Dessa maneira, entender como as plantas percebem esses sinais ambientais e como esses são traduzidos pela maquinaria genética das mesmas com o propósito de minimizar os danos e se adaptarem é de suma importância. Muitos estudos investigam os efeitos de estresses singulares e combinados e possibilitaram a elucidação da interação molecular complexa que rege respostas ao estresse vegetal. As plantas ativam tanto respostas específicas e não específicas aos estresses causados por fatores relacionados a eventos climáticos adversos, permitindo uma maior eficiência na resposta e conservando recursos para crescimento. A especificidade do sinal é alcançada por meio da interação entre os hormônios de diferentes rotas metabólicas, como o ABA (ácido absisíco), AS (ácido salicílico) e o AJ (ácido jasmônico). Fatores de transcrição, de choque de calor, espécies reativas de oxigênio e pequenos RNAs também estão envolvidos na coordenação de tais respostas. Frisando, os fatores de transcrição são um dos principais responsáveis pela especificidade das respostas aos estresses. A manipulação desses provém uma das maiores oportunidades para conferir tolerância por meio da engenharia genética, uma vez que esses proporcionam uma série de eventos em downstream (XU et al., 2011). Esses fatores interagem com elementos das regiões promotoras dos genes relacionados aos estresses, promovendo uma alta da expressão de vários genes, permitindo então que haja a tolerância ao estresse. (AGARWAL; JHAa, 2010). Uma família de genes conhecidos por fatores ligantes de C-repetitivos (CBFs) ou fatores de elementos ligantes responsivos a desidratação (DREBs) são componentes chaves que implicam na adaptação à seca, salinidade e frio e regulam genes responsivos ao estresse os quais modulam adaptações fisiológicas aos estresses abióticos vegetais. A relação desses fatores compõe uma importante maneira de regulação gênica e rotas metabólicas dependentes e não dependentes ao ácido abscisíco. A alta expressão dos genes DREB, ocasionam a regulação positiva de genes regulados pelo frio (CORE) e genes responsivos ao estresse osmótico, resultando em melhora da tolerância a estresses abióticos (CHEN et al., 2009). Dessa maneira, o intuito desse trabalho foi o de se avaliar o uso de diferentes genomas de referência (C.arabica, C.canephora e C. eugenioides) no mapeamento de reads obtidos por RNA-seq e observar os efeitos na comparação do transcriptoma de cafeeiros quando submetidas a diferentes estresses abióticos.pt_BR
dc.publisher.departmentNão especifica vinculação com nenhum departamentopt_BR
dc.subject.cnpqGenética Vegetalpt_BR
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/5136172181661666pt_BR
Aparece nas coleções:Biotecnologia Vegetal - Mestrado (Dissertações)



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